Параллельно с перехватчиком Як-120 разрабатывался фронтовой разведчик Як-125 и Як-125Б - носитель тактического ядерного оружия, по своей конструкции эти самолёты отличались незначительно. ОКБ Яковлева получило задание разработать и построить на базе Як-125 скоростной бомбардировщик специального назначения Як-125Б. Термин "специальное назначение" подразумевал, что самолёт будет нести атомную бомбу малого калибра. Бомбардировщик предназначался для нанесения ядерного удара по особо важным целям в оперативной глубине обороны противника в условиях сильной ПВО.

«Спецподвеска« размещалась в бомбоотсеке, расположенном в средней части фюзеляжа, в связи с чем значительной доработке подверглось шасси. Заднюю опору сдвинули за бомбоотсек, а переднюю из-за резкого увеличения нагрузки на неё полностью изменили, сделав двухколесной (Аналогичная схема шасси применялась на всех последующих фронтовых бомбардировщиках этого ОКБ.) Учитывая опыт работы над разведчиком и необходимость установки бомбового радиоприцела, кабину штурмана разместили в носовой части самолёта. Обзор из неё обеспечивался носовым сферическим колпаком из оргстекла, восемью боковыми окнами, а для работы с оптическим бомбовым прицелом ОПБ-П5 снизу сделали плоское окно из силикатного стекла (в процессе испытаний остекление дорабатывалось). Входной люк кабины штурмана расположили сверху.

Як-125Б стал первым самолётом ОКБ Яковлева, на котором установили бомбардировочный радиолокационный прицел РММ-2 «Рубидий». Антенна, приемопередатчик и модулятор РЛС располагались под кабиной пилота, остальные её агрегаты - в кабине штурмана. Снаружи антенна РЛС закрывалась радиопрозрачным обтекателем. В дальнейшем предполагалось РММ-2 заменить на более совершенный РБП-3. И еще одно конструктивное решение, касающееся радиотехнического оборудования, отличало бомбардировщик; по правому борту из-под крыла к хвостовому обтекателю фюзеляжа тянулась длинная шлейфовая антенна. Опытный Як-125Б, которому в серии предполагалось дать обозначение Як-25Б, испытывался в 1955 г. Однако самолёту Як-125Б не суждено было строиться серийно - он уже не соответствовал требованиям времени, а на испытания вышел новый сверхзвуковой бомбардировщик этого ОКБ.